Fauna
En términos generales, la fauna es el conjunto de especies animales que habitan en una región geográfica. A diferencia de lo que ocurre con la flora, Juan Fernández no posee una fauna muy abundante. Prácticamente la totalidad de los habitantes originarios del archipiélago eran aves y todos los vertebrados terrestres, desde los sapitos de cuatro ojos a los ratones y las vacas llegaron con el ser humano.
La gran mayoría de animales nativos, corresponden a aves terrestres insectívoras y frutícolas junto con aves marinas. Además, existe un registro de 62 especies de aves terrestres y marinas, de las cuales 3 son endémicas del archipiélago (dos habitan exclusivamente en Robison Crusoe y una en Alejandro Selkirk).
De las aves terrestres, la más emblemática y que corre grave riesgo de desaparecer, es el picaflor de Juan Fernández ya que su población es pequeña, sólo vive en Robinson Crusoe y cuenta con apenas 2.500 hectáreas de vegetación arbórea y arbustiva para su alimentación.
Otra de las especies endémicas es el Lobo fino de dos pelos, un mamífero marino que también habita en la parte terrestre de las islas del Archipiélago. Esta especie, al igual que la gran mayoría de los mamíferos marinos de su tipo, fue casi extinta por la caza masiva de ejemplares en el siglo XVIII por estadounidenses e ingleses para la comercialización de su piel.
Finalmente, por parte de los invertebrados es posible señalar que en Juan Fernández hay más especies descritas de insectos que de plantas. Si se suman los caracoles de tierra, arañas, gusanos y crustáceos terrestres, el archipiélago se convierte en un mundo de animales endémicos.